কিভাবে contigs scaffolds মধ্যে একত্রিত হয়?

2024 লেখক: Miles Stephen | [email protected]. সর্বশেষ পরিবর্তিত: 2023-12-15 23:34

একটি খসড়া জিনোম তৈরি করার সময়, ডিএনএ-এর স্বতন্ত্র পঠন প্রথমে হয় contigs মধ্যে একত্রিত , যা, তাদের প্রকৃতির দ্বারা সমাবেশ , তাদের মধ্যে ফাঁক আছে. পরবর্তী ধাপ হল প্রতি তারপর এই মধ্যে ফাঁক সেতু contigs থেকে একটা তৈরি কর ভারা . এটি অপটিক্যাল ম্যাপিং বা মেট-পেয়ার সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে করা যেতে পারে।

একইভাবে, আপনি জিজ্ঞাসা করতে পারেন, contigs এবং scaffolds কি?

ক ভারা জিনোম সিকোয়েন্সের একটি অংশ যা শেষ-সিকোয়েন্সড পুরো-জিনোম শটগান ক্লোন থেকে পুনর্গঠিত হয়। ভারা গঠিত হয় contigs এবং ফাঁক ক contig জিনোমিক সিকোয়েন্সের একটি সংলগ্ন দৈর্ঘ্য যেখানে বেসের ক্রম একটি উচ্চ আত্মবিশ্বাসের স্তরে পরিচিত। কিছু ক্ষেত্রে, ভারা ওভারল্যাপ করতে পারে।

এছাড়াও, বায়োইনফরমেটিক্সে কনটিগস কী? ক contig (সংলগ্ন থেকে) হল ওভারল্যাপিং ডিএনএ সেগমেন্টের একটি সেট যা একসাথে ডিএনএ-এর একটি ঐকমত্য অঞ্চলের প্রতিনিধিত্ব করে। কন্টিগস এইভাবে প্রেক্ষাপটের উপর নির্ভর করে ওভারল্যাপিং ডিএনএ সিকোয়েন্স এবং ক্লোনগুলিতে থাকা ভৌত অংশগুলি (টুকরা) ওভারল্যাপ করা উভয়কেই উল্লেখ করতে পারে।

এই বিষয়ে, কিভাবে contigs একত্র করা হয়?

ডিএনএ খণ্ডের ওভারল্যাপিং ডিএনএ সিকোয়েন্সের সেটটি ক নামে পরিচিত contig . কনটিগ ম্যাপিং একটি প্রক্রিয়া যার দ্বারা ওভারল্যাপিং ক্লোন হয় একত্রিত যে ওভারল্যাপ ক্রম. এই ব্যবস্থা জড়িত contigs ক্রম এবং অভিযোজন. ক্লোন contigs স্বয়ংক্রিয়ভাবে হতে পারে একত্রিত তাদের BAC-এন্ড সিকোয়েন্স ব্যবহার করে।

কেন contigs গুরুত্বপূর্ণ?

কনটিগ সমাবেশ একটি গুরুত্বপূর্ণ জিনোম সমাবেশে ধাপ। ম্যাপিংয়ের জন্য, ওভারল্যাপিং ক্লোনগুলিকে সেই ওভারল্যাপের ক্রম অনুসারে একত্রিত করা হয়। প্রতিটি খণ্ডকে একটি ভেক্টরে ক্লোন করা হয় এবং প্রায় 600-700 bp এর ক্রম দৈর্ঘ্য তৈরি করতে উভয় প্রান্ত থেকে অনুক্রম করা হয়। ডিএনএ ফ্র্যাগমেন্টের উভয় প্রান্ত থেকে অনুক্রমকে জোড়া প্রান্ত বলে।